Theo Tổng cục Hải quan, trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa thuế GTGT hàng nhập khẩu cho cơ quan Hải quan trong năm ngân sách, trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách nhà nước (NSNN) năm đó mà người nộp thuế hoặc cơ quan Hải quan phát hiện thì thực hiện điều chỉnh thu NSNN theo mẫu C1-07/NS ban hành theo Quyết định 759/QĐ-BTC.
Trong trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp thì người nộp thuế nộp bản chính Giấy nộp tiền vào NSNN. Cơ quan Hải quan xác nhận, ký tên, đóng dấu đơn vị lên mặt trước bản chính Giấy nộp tiền vào NSNN số tiền thuế GTGT điều chỉnh sang khoản thuế khác để chuyển Kho bạc Nhà nước hạch toán, điều chỉnh thu NSNN.
Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị được hoàn trả khoản tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa thì cơ quan Hải quan ban hành Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu đính kèm, lập lệnh hoàn trả khoản thu NSNN (theo mẫu 01/LHT: Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN ban hành kèm theo Thông tư 28/2011/TT-BTC) gửi Kho bạc Nhà nước nơi đã hạch toán thu NSNN đối với khoản thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa để thực hiện giảm thu ngân sách và hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định.
Trong trường hợp khoản thuế GTGT hàng nhập khẩu đã nộp, được hoàn trả ngoài năm ngân sách: cơ quan Hải quan nơi người nhập khẩu mở tờ khai tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế, ban hành Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu đính kèm, lập lệnh hoàn trả khoản thu NSNN (theo mẫu 01/LHT: Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN ban hành kèm theo Thông tư 28/2011/TT-BTC) gửi Kho bạc Nhà nước nơi đã hạch toán thu NSNN đối với khoản thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa để thực hiện chi ngân sách và hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định.
Trách nhiệm của cơ quan Hải quan trong xử lý vấn đề này là gửi một bản Quyết định hoàn tiền thuế và Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN nêu trên cho cơ quan Thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế, để làm cơ sở đối chiếu và thu hồi số thuế GTGT đã khấu trừ hoặc hoàn thuế khâu nội địa (nếu có) của các chứng từ nộp thuế đã được điều chỉnh hoặc hoàn thuế tại cơ quan Hải quan theo quy định.
Đồng thời, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai, điều chỉnh số thuế GTGT đã được cơ quan Hải quan hoàn nhưng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn thuế nội địa trước đó với cơ quan Thuế trực tiếp quản lý người nộp thuế.
